Adanya perkembangan rekayasa genetika membuat masyarakat khawatir terhadap dampaknya bagi kesehatan. Kondisi tersebut disebabkan di dalam organisme transgenik terdapat kombinasi gen baru. Apabila dikonsumsi oleh manusia dapat memicu timbulnya penyakit pada seseorang yang sensitif terhadap zat dihasilkan oleh organisme trangenik. Salah satu penyakit yang ditimbulkan apabila mengkonumsi organisme trangenik yaitu alergi. Sebagai contoh, hasil penelitian terhadap tanaman kedelai transgenik yang mengandung gen dari kacang brazil dapat memicu timbulnya reaksi elergi. Selain itu, beberapa organisme transgenik dapat mengakibatkan sesorang menjadi resistan terhadap beberapa jenis antibiotik tertentu. Sebagi contoh sesorang yang mengkonsumsi tomat flavr savr secara terus menerus akan resistan terhadap antibiotik. Keadaan ini disebabkan gen antibeku yang berasal dari ikan flounder yang disisipkan kedalam tanaman tomat mengandung gen resistan antibiotik.