Organisme transgenik merupakan organisme yang susunan gen dalam kromosomnya telah diubah. Oleh karena itu, organisme tersebut mempunyai sifat yang menguntungkan sesuai dengan yang dikehendaki. Apabila organisme transgenik tidak dikelola dengan baik dapat mencemari keanekaragaman gen di lingkungan alami atau dapat merusak plasma nutfah. Plasma nutfah merupakan materi yang membawa sifat suatu makhluk hidup. Proses pencemaran tersebut dikenal dengan polusi gen. Misalnya, pengembangan tanaman jagung transgenik yang tahan terhadap herbisida, jika jagung transgenik ini ditanam di lahan alami, maka serbuk sari dapat membawa gen jagung transgenik dan menyerbuki jagung alami. Penyerbukan seperti ini membuat gen-gen pada jagung alami terkontaminasi dengan gen-gen dari tanaman jagung transgenik.
Selain itu, penemuan organisme transgenik tersebut menimbulkan kecenderungan masyarakat untuk membudidayakan organisme yang seragam. Akibatnya, organisme lokal (bukan transgenik) makin tersingkir dan langka di lingkungan. Kondisi seperti itu dapat menimbulkan hilangnya plasma nutfah lokal (alami). Oleh karena itu, pembudidayaan organisme transgenik dapat mengakibatkan punahnya makhluk hidup dalam suatu ekosistem. Penggunaan tanaman transgenik juga dapat menimbulkan munculnya hama baru yang lebih kuat daripada hama sebelumnya sehingga akan mengganggu keseimbangan ekosistem.